Отдел занимается приемом документов для предстоящей защиты диссертации. После проверки документов подразделение проводит заседания диссертационных советов для рассмотрения и защиты диссертаций. Диссертационный совет оценивает кандидатскую, докторскую диссертацию или иные научные проекты, а также умение соискателя отстаивать свое мнение, доказывать позицию, его знания и профессиональные навыки.
Сотрудники центра после защиты диссертаций формируют аттестационные дела для отправки в высшую аттестационную комиссию, центральную научную медицинскую библиотеку, российскую государственную библиотеку, центр информационных технологий и систем органов исполнительной власти.